Al igual que la de Empédocles, su filosofía, parte de los planteos de Parménides, llegando a una solución relativamente parecida. Ya que el "ser" no puede empezar ni parecer, y ya que lo "uno" ha de considerarse como inmutable, Anaxágoras que admite la pluralidad y la movilidad, así como los cambios y transformaciones de la realidad- formula una teoría pluralista Todo lo que se produce y sucede es resultado de la mezcla de innumerables elementos.
Nada viene a la existencia ni es destruido sino que todo es resultado de la mezcla y la división Fr.17
Anaxágoras llama a esos elementos o principios con el nombre de "semillas", las cuales son cualitativamente distintas e indefinidamente indivisibles. En todas las cosas hay semillas de todas las cosas, de tal manera que "todo está en todo". Así se explica que cualquier cosa puede llegar a ser otra distinta, y que si una cosa es lo que es, es porque en ella predominan las semillas correspondientes: en el oro predominan las semillas del oro, pero están también todas las demás (cosa que es posible porque las semillas son minúsculas).
La pluralidad y los cambios (generación, corrupción, transformación) se explican por la mezcla y disgregación de las semillas. El mundo se origina por medio de un torbellino en el que se realizan las mezclas y separaciones progresivamente. Pero este movimiento del torbellino tenía que ser explicado, puesto que Parménides parecía haber demostrado que, de por sí, la Esfera permanece quieta e inmóvil: Anaxágoras se verá obligado a introducir un "principio de movimientos", al que da el nombre de Nous (Espíritu, inteligencia). El Nous es algo separado de la masa de semillas y por ello nada lo limita, posee autonomía, conoce todo y tiene el máximo poder.